GPU akceleracija najboljih aplikacija na polju istraživanja genoma uz OpenACC obećava ubrzanje pronalaženja lekova koji mogu spasiti živote

Lako ubrzanje od 16x “DNADist”  aplikacije pomaže Roche-u i drugim farmaceutskim kompanijama da ubrzaju istraživanje na polju lekova

 

Šangaj – 8. avgust, 2012. — Kompanija NVIDIA je objavila da je OpenACC programski standard omogućio Kineskim naučnicima da dramatično ubrzaju DNADist aplikaciju koja se koristi za istraživanje genoma u ranim stadijumima razvoja tretmana za genetička stanja kao je dovnov sindrom, hemofilija, fibroza ciste i druga oboljenja ćelija.

 

Korišćenjem CAPS enterprise OpenACC kompajlera, istraživači sa Shanghai Jia Tong univerziteta su ubrzali DNADist aplikaciju oko 16 puta na NVIDIA® Tesla® GPU baziranom sistemu dodavanjem samo četiri elementa poznatih pod imenom “direktive” samom kodu aplikacije.

DNADist, aplikacija koja konstruiše “matriks”  udaljenosti kako bi se proučile genetske veze između različitih vrsta tokom istorije evolucije omogućava istraživačima da odvoje informacije iz sekvencijalnih DNA podataka tako što čitaju sekvence nukleotida, što može dovesti do boljeg razumevanja uzroka i mogućih terapija za ozbiljne genetske bolesti. Ubrzavanje DNADist aplikacije dozvoljava istraživačima da izučavaju dosta veći broj ulaznih podataka i dođu do informacija ranije.

 

OpenACC je programski standard za paralerno računarstvo koji koristi direktive, OpenACC je dizajniran da omogući milionima istraživača širom sveta lako korišćenje prednosti transformativne snage GPU računarstva. Omogućava najlakši način da korisnici koji imaju ili nemaju veliko znanje na polju paralernog programiranja ubrzaju svoje istraživanje u samo par sati koristeći poznate modele programiranja.

 

Roche impresioniran sa OpenACC-om, moći GPU akceleracije

Ubrzavanjem aplikacija korićenjem minimalnog truda OpenACC omogućava svetskim farmaceutskim kompanijama kao što je Roche da istraže, razviju i identifikuju efektivnije lekove lakše i cenovno povoljnije.

 

“Iznenađen sam koliko brzo i lako OpenACC otključava snagu GPU akceleracije kada je u pitanju DNADist, jedna od naših najkritičnijih aplikacija”, izjavio je Steve Pan, direktor projekta u Roche Pharma Global Informatics.  “Potencijalni uticaj GPU-ova je neprocenjiv jer će naši proizvodi stići na tržište brže, čak i jedan dan može spasiti više života”.

 

“Pronalaženje značajnih informacija u velikoj kolekciji podataka DNA sekvenci zahteva sve više i više računarske snage”, izjavio je Sumit Gupta, stariji direktor Tesla poslovanja u kompaniji NVIDIA. “OpenACC omogućava istraživačima da brzo i lako iskoriste ogromne perfomanse GPU akceleratora kako bi analizirali čitave planine genomskih podataka. To dramatično skraćuje vreme koje je potrebno za izučavanje bioloških sistema i potencijalno vodi ka razvoju efektivnijih lekova sledeće generacije”.

 

Rastući broj istraživača i inženjera koristi OpenACC podržane kompajlere i hibridne CPU/GPU računarske sisteme kako bi ubrzali sve tipove aplikacija, uključujući aplikacije koje se bave CAD/CAM poslovima, procesiranjem slika, naukom materijala, molekularnom dinamikom, kvantnom hemijom i mnogim drugim. U velikom broju slučajeva korisnici prijavljuju ubrzanja čak do 5-10 puta sa samo par sati posla.

 

Webinar na temu OpenACC-a i DNADist-a – 6. septembar 2012.

CAPS enterprise će omogućiti besplatan javni webinar u četvrtak, 6. septembra 2012. kako bi se učesnici obrazovali po pitanju najboljih upotreba i studija slučajeva kada je u pitanju OpenACC i saznali više detalja kada je u pitanju ubrzavanje DNADist aplikacije. Kako bi saznali više ili registrovali, molimo posetite https://www2.gotomeeting.com/register/668751466.

 

 

O NVIDIA Tesla GPU-ovima

NVIDIA Tesla GPU-ovi su ogromni paralelni akceleratori bazirani na NVIDIA CUDA® platformi za paralelno računarstvo. Tesla GPU-ovi su dizajnirani od samog temelja za energetski efikasno računarstvo visokih perfomansi, računarsku nauku i superračunarstvo, isporučivajući dramatično visok nivo ubrzanja aplikacija koje se koriste za širok spektar naučnih i komercijalnih primena za razliku od pristupa korišćenjem samo CPU-ova. Danas, Tesla GPU-ovi pokreću tri od pet najbržih superračunara na svetu.

 

Više informacija o NVIDIA Tesla GPU-ovima je dostupno na Tesla sajtu. Kako bi naučili više o CUDA tehnologiji ili preuzeli najnoviju verziu, posetite CUDA web sajt. Više vesti o kompaniji NVIDIA, informacije o proizvodima, video klipove, fotografije i druge informacije možete naći na NVIDIA newsroom sajtu. Pratite nas na Twitter-u (@NVIDIATesla).

 

O kompaniji NVIDIA

NVIDIA (NASDAQ:NVDA) je probudila svet snagom kompjuterske grafike, kada je izumela grafički procesor (GPU) 1999 godine. Danas, procesori kompanije NVIDIA pokreću veliki broj uređaja, od pametnih telefona do superračunara. Mobilni procesori kompanije NVIDIA se koriste u mobilnim telefonima, tabletima i auto sistemima. PC igrači se oslanjaju na GPU-ove kako bi iskusili neverovatan svet igara. Profesionalci ih koriste kako bi kreirali 3D grafiku, efekte u filmovima i dizajnirali sve odštapova za golf do ogromnih aviona. Takođe, istraživači koriste GPU-ove kako bi pomerili granice nauke sa računarstvom visokih perfomansi. Kompanija poseduje više od 5000 patenata širom sveta, uključujući i one koji su fundamentalni za modernu računarsku industriju. Za više informacija posetite www.nvidia.com.